El Museo Provincial de Ciencias Naturales Florentino Ameghino atraviesa una grave crisis institucional a raíz del congelamiento de vacantes que sufriera a partir del decreto 877/1990 y la no cumplimentación de concurso en la Subsecretaría de Cultura.

La preocupante situación se refleja, principalmente, en la reducción de áreas funcionales, producto del vaciamiento de personal. Hasta fines de 1991 contaba con diez áreas que por decreto 66/91, y la no cumplimentación de cargos vacantes fueron cercenadas a las cuatro que actualmente persisten: Zoología General/ Ecología; Zoología Invertebrados; Zoología Vertebrados y Administrativa. Desaparecieron la sección de Taxidermia y Conservación; Museología, Extensión Educativa y Botánica, entre otras.

Esto trajo como consecuencia una reducción en los horarios de atención al público y visitas guiadas; el deterioro paulatino del patrimonio cultural que posee; la desaparición de uno de los pilares fundamentales de las ciencias naturales, como es Botánica, y la carencia de personal capacitado para preparar el material que llega fresco al museo -ya sea para colecciones o para exhibiciones- y de realizar el montaje museográfico; es decir, vitrinas, carpintería y herrería.

El director del organismo, Carlos Virasoro, responsabilizó directamente a la Subsecretaría de Cultura y afirmó que "en Santa Fe no hay una política cultural para el museo porque si bien han cambiado las personas a cargo, las nuevas han seguido con el mismo tenor". (Más información en AREA METROPOLITANA).