El campeonato Argentino 2008/2009 tendrá una nueva estructura de juego para conciliarla con la reciente norma impuesta por el Comité Ejecutivo de AFA, que dispuso la eliminación de las series de playoffs en todos los campeonatos.
El torneo, cuyo calendario será sorteado el miércoles, tendrá dos fases: una etapa "campeonato" y otra "final", y todos los equipos se enfrentarán entre sí. En la zona Campeonato los equipos estarán divididos en tres zonas, de acuerdo con la siguiente estructura:
Zona 1: Cipolletti de Río Negro, Guillermo Brown de Trelew, Villa Mitre de Bahía Blanca, Huracán de Tres Arroyos, Alvarado de Mar del Plata, Santamarina de Tandil, Atlético Juventud de Pergamino y Rivadavia de Lincoln.
Zona 2: 9 de Julio de Rafaela, Ben Hur de Rafaela, Unión de Sunchales, Libertad de Sunchales, Boca Juniors de Corrientes, Patronato de Paraná, Gimnasia y Esgrima de Concepción del Uruguay, Arroyo Seco de Villa Constitución.
Zona 3: Talleres de Perico, Juventud Antoniana de Salta, Central Córdoba de Santiago del Estero, Sportivo Desamparados de San Juan, Gimnasia y Esgrima de Mendoza, Deportivo Maipú de Mendoza, Racing de Córdoba, Alumni de Villa María y Juventud Unida Universitaria de San Luis.
Las zonas 1 y 2 Äque tienen un equipo menos que la 3Ä contarán con partidos interzonales que incluirán los duelos entre Cipolletti-Arroyo Seco, Guillermo Brown-Gimnasia y Esgrima de Concepción, Villa Mitre-Patronato, Huracán-9 de Julio, Alvarado-Libertad, Santamarina-Unión, Atlético Juventud-Boca Juniors y
Rivadavia-Ben Hur.
Los dos primeros de cada zona y los dos mejores terceros accederán a la fase final, que se dividirá en dos zonas de cuatro y todos los equipos se medirán entre sí. Los ganadores de cada zona disputarán una serie de ida y vuelta por el ascenso y la promoción.