El Centro había iniciado sus actividades varios años antes, en 1968 en la localidad de San Martín Provincia de Bs. As. En el año 1977, con el fin de cubrir la demanda de la cuenca lechera más importante del País, el INTI Instituto Nacional de Tecnología Industrial en una decisión conjunta con sus socios promotores decide establecerse en nuestra región eligiendo para ello como punto estratégico la ciudad de Rafaela, para lo cual se cuenta con el valiosísimo apoyo de otra Institución tecnológica, el INTA, organismo que mediante un convenio firmado ese mismo año sede el terreno para que este proyecto pueda ser una realidad.

Mientras el proyecto edilicio de la sede Rafaela se ponía en marcha, el Centro comienza a desarrollar sus actividades a unos km de aquí en la ciudad de Santa Fe, en instalaciones cedidas por el ITA Instituto de Tecnología de Alimentos, hasta que finalmente el 05 agosto del año 1983, hace exactamente 25 años se inauguran las instalaciones propias, las cuales contaban con una planta piloto para la investigación, desarrollo y elaboración de productos lácteos, laboratorios de microbiología, Laboratorios de ensayos físicos y químicos, y una oficina técnica.

Actualmente con el objetivo de cumplir con su misión, la de "Asistir Técnicamente para el desarrollo tecnológico de la cadena agroalimentaria de la leche", la sede Rafaela cuenta con 4 amplios laboratorios: de Microbiología, de Fisico-Química, de Cromatografía y de Producción de material de referencia; con oficinas técnicas y con una planta Piloto.