Con la Selección albiceleste realizó unas Eliminatorias que empezaron torcidas (perdió con Venezuela), enderezó el rumbo y clasificó como la mejor Selección de Sudamérica al Mundial de Brasil 2014. Con los "Cuatro fantásticos" (Messi, Agüero, Higuaín, Di María) encendidos, el equipo nacional argentino llegó a la Copa del Mundo como uno de los favoritos. Se hizo cargo de las expectativas que generaba la Selección y la llevó hasta la final por primera vez en 24 años. Allí, cayó frente a la poderosa Alemania a pesar de dominar la mayor parte de un encuentro donde los delanteros (Higuaín, Messi, Palacio) fallaron en la definición. Sin embargo, los hinchas colmaron el Obelisco reconociendo la entrega de sus jugadores. Luego de su exitoso paso por la Selección, renunció.