Por más de medio siglo, las investigaciones de Juan Álvarez abordaron una multitud de temas dentro de un campo cultural amplio constituido por la historia, la educación, la pedagogía, el derecho, la política, la sociología, la psicología experimental, entregas de corte crítico y comprometido con los problemas de su tiempo que excedían la mirada local e impulsaban al análisis de la opinión pública sobre sucesos de índole nacional e internacional. Libros, artículos en revistas universitarias y en la prensa, crónicas de viaje, conferencias en Boletines de la JHNA, entre otros, conformaron una producción académica y de divulgación verdaderamente importante. De su vasta obra podemos destacar algunos libros que impactaron por sus nuevos modelos interpretativos y por las polémicas generadas al interior de la academia: Mencionemos su “Ensayo sobre la historia de Santa Fe” (1910), su “Estudio sobre las guerras civiles argentinas” (1914), el que dedicó a los “Valores aproximados de algunas monedas hispano-americanas (1479-1771)” (1917), “El problema de Buenos Aires en la República Argentina” (1918), “Temas de Historia Económica Argentina” (1929), “Las guerras civiles argentinas y el problema de Buenos Aires en la República” (1936), y su “Historia de Rosario” (1943). Los capítulos que escribió para la Historia de la Nación Argentina de la ANH entre 1938 y 1950 versaron sobre “Monedas, pesas y medidas”, “La guerra económica entre la Confederación Argentina y Buenos Aires” y “La evolución económica (1810-1829). Comercio e industrias, moneda, ganadería y agricultura”.