Según expresa Roberto Samanez Argumedo, integrante del equipo que afrontó la restauración integral del templo bajo la coordinación general del "World Monuments Fund", el pintor limeño ornó de pies a cabeza los muros del templo, incluida una cenefa o franja alargada sobre el zócalo con decoración de grutescos a la italiana, que se mixturan con aves, flores y frutos americanos. El extenso trabajo icónico incluye medallones que evocan a los primeros mártires cristianos. Otro tanto hizo en la parte superior de las paredes, obras que en gran medida han quedado ocultas por el agregado de telas referidas a la vida de San Pedro, pintadas al óleo y ceñidas por grandes marcos labrados y dorados a la hoja (último tercio del siglo XVII). Pero, además, realizó excepcionales pinturas sobre lienzo y madera en los dos órganos del coro alto. Allí, en la cara interior de la pared frontal resalta la pintura de la Anunciación a María en torno a un óculo por el que entra la luz del sol, con expresa mención de Adonai, el dios hebreo que puede asociarse con el Ra egipcio y el Zeus griego, pero también con el Inti de los incas. Así, con este recurso polisémico, la luz reemplaza a la paloma que simboliza al Espíritu Santo. Este empeño sincrético, propio de Bocanegra y los jesuitas, intentaba alinear las creencias indígenas con la compleja teología católica.